Step2で塗った仮影を参考にしつつ、いよいよ「落ち影」と「形状による影」を鉛筆ツールとぼかしツールで塗っていきます。（Photoshopの場合はブラシツールと消しゴムツールを使います。）
ここで塗りにまつわる、二つのルールを説明します。
違う塗り方でやっているメーカーさんもあるにはあるのですが、ここでは一般的な方法としてこれらのルールに従って塗っていきます。
【ルール１】「１レイヤー１色しか使わない」理由は、一つのレイヤーに複数の色が置いてあったら、個別に色調整がしにくくなってしまうからです。
色の場所が離れていたとしてもいちいち選択範囲を作るのは面倒ですし、色の範囲が混ざっていたらそれさえ不可能です。
パーツ毎の「ベース」「落ち影」「１影」「２影」「ハイライト」といった各レイヤーは、「色の塗りつぶし」によって統一されたり、「色相・彩度」で調整されたりします。
チームで作品を作っている場合は色の統一が前提ですし、細かい色管理がＣＧの質を決める大きな要因になります。
【ルール２】「各パーツの影は、該当パーツのベース（下塗り）レイヤーのクリッピングレイヤーに塗る」理由は、クリッピング化して塗ると、下塗り範囲（ベース）内にしか影色が適用されないので、はみ出しの心配がなくなるからです。さらにそのレイヤーが何に対する影なのか整理され、他人が見た時にわかりやすくなります。
これらのルールは、複数人の手でファイルが修正される事を前提としています。時として簡略化されたりはしますが、
共同作業は「相手への思いやり」を心がけましょう。※付記
パーツや差分ごとに
レイヤーセットにまとめたり、
各レイヤー、レイヤーセットに名前を丁寧につけておく事も、他人がファイルを見たり修正する時の事を考えるとすごく重要です。
レイヤーセットの中にレイヤーセットを入れて入れ子状態にする事もよくあります。わかりやすくまとめてしまいましょう。
では、Step1で色分けした各箇所の下塗り（ベース色）レイヤーの上に、影用のレイヤーを新規作成してクリッピング化していきましょう。
SAIでのクリッピングレイヤーの作り方影用のレイヤーをクリックして選択し、レイヤーパレット上の
「下のレイヤーでクリッピング」チェックボックスをチェックしてクリッピング化します。Photoshopでのクリッピングレイヤーの作り方影用のレイヤーを、該当レイヤー上で
「右クリック→クリッピングマスクを作成」をクリックしてクリッピング化します。
落ち影を塗った状態です。
１影を加えた状態です。色は落ち影と同じ色を使っています。美少女ゲーム系のＣＧにおいては、一般的に形状による影（陰）には
「１影」と「２影」があります。ルール１で説明したようにそれぞれ１色ずつしか使いません。
１影とはベース（下塗り）にかかる一段階目の影でして、２影とは、影の中のさらに濃い影を指します。
少し明度を下げた濃い色で２影を加えた状態です。ぐっと立体感が強まりますが、やりすぎに注意。この時、
２影の箇所をたくさん作りすぎたり、面積を取り過ぎたり、色を濃くし過ぎたりしないように注意してください。
ムラのように見えたりして、全体としてキツめに見えたり、ごつい印象になり、可愛らしさがダウンしてしまう事があります。
また、胸やふとももなど
柔らかい箇所は、柔らかく見えるようにぼかし範囲を広めに取ります。
ヒザにもぼかしを入れていますが、本来なら膝は明るく突き出したところであり現実とは異なるのですが、全体像を見て少しヒザに色があったほうが映えると考えて塗っています。
脚を２影まで塗った状態です。ヒザは後でハイライトを入れる予定があるので、この部分はとりあえずこれでフィニッシュとしておきます。
肌彩色完成状態です。次のステップでは服を塗っていきます。
